Die wichtigsten inneren Organe (welche auch hier nur behandelt werden), das Herz, der Darm, das Nervensystem, der Fettkörper, ein Geflecht unterschiedlichster Drüsen, die Geschlechtsorgane und das Artmungsorgan durchziehen meist den gesamten Bienenkörper, sind jedoch häufig, sinnvoller Weise, in bestimmten Körperabschniten konzentriert.

Das Herz

Die Biene hat ein offenens Blutgefäßesystem (keine Adern und Venen), zu dem ein langes schlauchförmiges Gefäß, das Herz, gehört. Es liegt unter der Rückendecke des Körpers und erstreckt sich vom Ende des Hinterleibes bis zum Kopf. Der Herzschlauch ist am Hinterende geschlossen und im Kopf offen. Die klare Blutflüssigkeit wird kontinuierlich von hinten nach vorne gepumpt und fließt bauchseitig, die Organe umspülend und versorgend, zurück. Fünf aneinandergereihte Herzkammern im Hinterleib bewirken diesen Fluß durch ein abwechselndes Zusammenziehen, wobei die Herzkammern das Zurückfließen verhindern. Das Blut dient als Beförderungsmittel für Nähr- bzw. Abfallstoffe. Im Gegensatz zum Menschen transportiert es keinen Sauerstoff, weshalb seine Farbe auch nicht rot, sondern farblos ist. Etwa 100 Ansätze am Abfluß des Mitteldarmes bilden die Malpigischen Gefäße, die die Aufgabe besitzen, das Blut von Exkrementen zu reinigen, ähnlich wie unsere Nieren. Die Nährstoffe werden von den Organen nicht unbedingt gleich verbraucht, sondern können auch für Notzeiten gespeichert werden, besonders für harte Wintermonate und anschließendem Frühjahr.

Das Nervensystem

Das Nervensystem besteht aus dem Nervenzentrum, dem Gehirn, im Kopf und den von ihm abgehenden Nervensträngen, dem Bauchmark, das sich auf der Bauchseite des Bienenkörpers erstreckt. In verschiedenen Körpersegmenten bildet des Bauchmark Nervenknoten (Ganglien), in denen eine große Anzahl von Nervenzellen und -fasern zusammengefaßt sind. Da diese paarig angeordnet sind, wird das Nervensystem gemäß ihres Aussehens als Strickleiternervensystem bezeichnet. Von diesen einzelnen Knoten laufen einzelne Nervenfasern an die Organe und Muskeln im gesamten Bienenkörper. Das Gehirn ist grob in Oberschlundganglion und Unterschlundganglion eingeordnet, wobei die obere Hirnregion die größere Nervenmasse besitzt. Das Oberschlundganglion ist jedoch das eigentliche Gehirn und ist bei den Arbeiterinnen hoch entwickelt, d.h. eine starke Ansammlung von Nervenzellen ist hier erkennbar, mit denen die aufgenommenen Außenreize und Verhaltensweisen verarbeitet und verknüpft werden und somit das große Reaktionsvermögen der Biene gesteuert wird. Das Unterschlundganglion steuert nur die Funktion der Mundteile.

Der Darmkanal

Der Darmkanal durchzieht den gesamten Bienenkörper und reicht von der Mundöffnung bis zum After. Er ist in drei Hauptabschnitte unterteilt, in den Vorder-, Mittel- und Enddarm. Vorder- und Enddarm sind mit einer feinen Chitinhaut ausgekleidet, der Mitteldarm ist frei von Chitin. Der Vorderdarm nimmt die Nahrung auf, im Miteldarm wird sie verdaut und der Enddarm besitzt die Aufgabe, unverdaute Stoffwechselprodukte aufzunehmen und nach außen abzuführen.
Der Vorderdarm ist der längste Darmabschnitt und erstreckt sich von der Mundöffnung bis in den Hinterleib hinein. Er beginnt mit dem Schlund, an den sich die lange Speiseröhre anschließt. Diese erweitert sich im Hinterleib zur dehnbaren, zartwandigen Honigblase. In dieser Honigblase können Flüssigkeiten über einen längeren Zeitraum gespeichert werden und gegebenenfalls wieder herausgewürgt werden. Sie umfaßt ca. 50 mm³. Die Verbindung zwischen Honigblase und Mitteldarm wird durch einen kompliziert gebauten Ventiltrichter hergestellt. Damit wird die Nahrungszufuhr zum Mitteldarm reguliert bzw ein Rückfluß der halbverdauten Flüssigkeiten aus dem Mitteldarm in die Honigblase verhindert. Die Oberfläche des Mitteldarmes ist durch zahlreiche Ringfalten stark vergrößert. Der Mitteldarm hat die Funktion des Magens, hier findet die Verdauung statt. Die Zellen der inneren Schleimhaut der Darmwand erzeugen die notwendigen Enzyme für die Verdauung. Die Schleimhautzellen werden von Zeit zu Zeit aus dem Zellverband abgestoßen und in ein mehrschichtiges Häutchen, die peritrophische Membran, aufgenommen. Die Membran umhüllt die Nahrungsmassen, so daß sie nicht mit der Darmwand in Berührung geraten. Die durch die Enzyme gelößten Nahrungsstoffe durchdringen die Membran und werden von den Darmzellen aufgenommen und an die Blutflüssigkeit weitergegeben. Die unverdauten Nahrungsrückstände werden in den Enddarm gedrückt. Der Enddarm besteht aus zwei Abschnitten, dem engen Dünndarm, in dem auch die Harnkaälchen münden, und der außerordentlich dehnungsfähigen Kotblase. Die Verdauungsrückstände können in der Kotblase über längere Zeiträume gespeichert werden, was für die Biene von enormer Wichtigkeit ist, da sie meist den Kot nur im freien absetzen. In der Kotblase können außerdem über sechs Gebilde, den Rektalwülsten, das Wasser zurückgewonnen werden.

Harnkanälchen

Die Harnkanälchen sind diejenigen Organe, die bei den Wirbeltieren der Niere entspricht. Ihre Aufgabe ist es, unverwertete Stoffwechselprodukte aus dem Blut zu entfernen und an den Darm weiterzuleiten. Die Harnkanälchen sind dünnwandige, blind geschlossene Schläuche, die im Hinterleib von der Blutflüssigkeit umspült werden. Etwa 80 bis 150 Harnkanälchen münden in den Darm, mit einer Länge von jeweils 20mm.

Der Fett-Eiweiß-Körper

Alt-/Flugbienen ernähren sich fast ausschließlich von Honig, Jungbienen nehmen jedoch auch einen großen Teil an Pollen auf, verbrauchen diesen jedoch nicht sofort, sondern lagern die Nährstoffe im sogenannten Fett-Eiweiß-Körper ab, einem Speicherorgan, mit großzelligem, zarten Gewebe, zwischen den Drüsen in der Brust, vor allem aber im Hinterleib. Je nach Nahrungsangeot ist dieser Speicher mehr oder weniger stark ausgebildet. Vor allem vor der Winterruhe nehmen die Winterbienen eine große Menge an Nährstoffen auf und lagern diese im genannten Organ ab. Dies ist besonders wichtig als schnell einsetzbares Nährstoffangebot (vor allem Eiweiß) für den Aufbau des Volkes und der Entwicklung der Brut im nächsten Frühjahr.

Atmungsorgan

Das Artmungsorgan besteht bei der Biene, wie bei allen Insekten, aus einem fein verteiltem System von Röhren, Tracheen, die auf der Körperoberfläche mit bestimmten Öffnungen, den sogenannten Stigmen, beginnen. Durch dieses System wird der benötigte Sauerstoff dierekt an die Organe geliefert bzw. das Kohlendioxid abtransportiert (Beim Menschen übernehmen diese Aufgabe die roten Blutkörperchen, welche bei den Bienen jedoch fehlen). An verschiedenen Stellen im Kopf, in der Brust und vor allem im Hinterleib erweitern sich diese Äste zu sog. Luftsäcken, die vor dem Flug mit Luft vollgepumpt werden. Die Wandung der Tracheen ist mit Chitin ausgekleidet und wird durch eine spiralförmig verlaufende Chitinleiste verstärkt, wodurch ein Zusammenfall der zarten Tracheen verhindert wird. Die Atemöffnungen liegen an beiden Seiten des Bienenkörpers in den einzelnen Segmenten, insgesamt sind neun Paar funktionsfähig. Die Atemöffnungen haben verschieden gestaltete Verschlußmechanismen, mit denen die Luftzufuhr reguliert werden kann. Reusenartige Haarkränze verhindern das Eindringen von Fremdkörpern. Die Atmung der Biene erfolgt durch passive Einatmung und aktive Ausatmung (beim Menschen genau umgekehrt). Bei entspanntem Hinterleib dringt durch die Stigmen die frische Luft ein, die Ausatmung wird durch Zusammenpressen des Hinterleibes erreicht. Das Netzt der Tracheen hat außerdem die Aufgabe, den inneren Organen einen stärkeren Halt zu geben.

Drüsen

Eine Zentrale Rolle im Bienenleben spielen die unterschiedlichsten Drüsen. Einige dienen den Lebensfunktionen der Einzelbiene, andere gewährleisten den Zusammenhalt des Volkes als soziale Einheit und das Funktionieren seiner Organisation. Die volle Entwicklung der Drüsen ist oft an das jeweilige Lebensalter der Biene gebunden, sie können aber teilweise in Notsituationen wieder reaktiviert werden. So liefern sie z.B. Futtersekrete für die junge Brut, das Wachs für den Wabenbau und die dazu erforderlichen Trennmittel zur besseren Verarbeitung. Pheromone der Königin verhindern das Wachstum der Eierstöcke bei den Arbeiterinnen, locken die Flugbienen zum Stock und die Drohnen zum Begattungsplatz an. Drüsen liefern wichtige Sekrete zur Bearbeitung und Haltbarkeitmachung von Nahrung, Giftstoffe zu Abwehr und Alarmstoffe zur Signalisierung von Gefahr.

Geschlechtsorgane

Die Erhaltung der Art erfolgt durch die Fortpflanzung der Geschlechtstiere, im Bienenvolk durch Königin und Drohnen. Die für die Fortpflanzung notwendigen Geschlechtszellen, die Eier und Samenfäden, werden in den Keimdrüsen der Geschlechtsorgane gebildet.

Der Geschlechtsapparat der Königin entspricht in seinem Grundaufbau dem üblichen Typ der Insekten. Er besteht aus dem Eiapparat, zu dem die paarigen Eierstöcke, die Eileiter und die Scheide gehören, und aus dem Besamungsapparat, der die Samenblase, den Samenblasengang und die Samenpumpe umfaßt.
Die birnenförmige Eierstöcke bestehen aus 160 bis 180 nebeneinander angeordneten Eischläuchen, worin die Eier liegen. Von der Eibildungszone, an der Spitze der Eierstöcke, gelangen die reifen Eier in die am Grunde der Eierstöcke beginnenden Eileiter. Die beiden zuerst engen Eileiter vereinigen sich zu einem gemeinsamen Ausgang, dem mittleren Eileiter und der Scheide. Die Scheidenöffnung liegt in der Stachelkammer in der Nähe der Wurzel des Stachelapparates.
Die Scheide gliedert sich in zwei Abschnitte, in die enge Scheidenkammer und den erweiterungsfähigen Scheidenvorhof mit seinem faltigen Aussackungen, den Begattungstaschen. Vom Boden der vorderen Scheidenkammer, der eigentlichen Scheide, ragt ein zapfenartiger Wulst, die Scheidenklappe, in den Scheidenhohlraum hinein. Der Scheidenraum kann durch die vorhandene Muskulatur so verengt werden, daß die Scheidenkammer durch die Scheidenklappe weitgehend verschlossen wird. Dadurch ist es möglich, nach der Begattung den Samen aus der Scheidenkammer über den Samenblasengang in die Samenblase zu pressen. Ein Teil der Samenfäden werden jedoch hierbei wieder aus der Scheide herausgepresst und in Form kleiner Stiftchen abgesetzt.
Die Samenblase ist ein kugelförmiges Gebilde, das oberhalb der Scheidenkammer liegt und mit dem Samenblasengang in die obere Wand der Scheidenkammer mündet. In der Samenblase werden die durch die Paarung erhaltenen Samenfäden gespeichert. Bei einem Durchmesser von 1,5mm kann die Samenblase 6 bis 7 Mio. Samenfäden aufnehmen. Ein Netzt von feinen Tracheen umspinnt die Samenblase so dicht, daß sie ein weißliches Aussehen erhält. Zwei Drüsen, die in den Samenblasengang einmünden, sorgen für die Ernährung, Lebensfähigkeit und Beweglichkeit der Samenvorräte.
Wird ein reifes Ei aus dem Eierstock entlassen, dann gleitet es am Samenblasengang vorbei und erhält aus der Samenblase einige Samenfäden (oder auch nicht, sofern Drohneneier gelegt werden). Durch ein Muskelmechanismus im Samenblasengang, der Samenpumpe, können die Spermien zurückgehalten bzw. freigegeben werden . Auf diese Weise ist es der Königin möglich, wahlweise besamte oder unbesamte Eier abzulegen.
Der Eiapperat der Arbeitsbienen zeigt den selben Aufbau, wie der der Königin, allerdings ist er wesentlich unterentwickelter. Er besteht aus vier bis sechs Eischläuchen. Bei einer eierlegende Arbeiterin (Ausnahme) werden die Eierstöcke aktiviert, da sie jedoch niemals begattet worden ist, können aus den Eiern nur Drohnen schlüpfen

Die Samenfäden werden beim Drohn in den paarigen Hoden gebildet, die zu beiden Seiten des Darmes im Hinterleib liegen. Bei einem frisch geschlüpften Drohn sind die Samenfäden bereits entwickelt. Sie wandern mit zunehmendem Alter der Tiere über die beiden Samenleiter in die sackförmigen mittleren Samenleiter ein, während die Hoden zusammenschrumpfen. In den mittleren Samenleitern (Samenblase) bleiben die Spermien bis zur vollständigen Reife liegen, also bis der Drohn ab dem 12. Lebenstag begattungsfähig ist. Die Samenleiter münden in die großen Schleimdrüsen, deren gemeinsamer Ausfuhrgang der Spritzkanal ist, der in den Begattungsschlauch führt. Die Übertragung der Samenfäden in die Scheide der Königin erfolgt durch den Begattungsschlauch, einem Begattungsorgan, welches in seinem Aufbau mit dem anderer Insektenmännchen nicht zu vergleichen ist. Der Begattungsschlauch ist ein weicher, häutiger Sack mit vielgestaltigen Anhängen, besonders auffällig sind die Hörnchen und der Federanhang. Die an seiner Unterseite gelegenen Haarfelder spielen als Haltevorrichtung während des Begattungsaktes eine Rolle. Der erweiterte Anfangsteil des Begattungsschlauches wird als Zwiebelstück bezeichnet. Er ist durch zwei dreieckige, langgestreckte Chitinplatten versteift. Der Begattungsschlauch ist nach Art eines Handschuhfingers in das Innere des Hinterleibes eingezogen. Er wird bei der Begattung umgestülpt und aus dem Hinterleib herausgeschleudert, dabei wird auch der Spritzkanal in den Begattungsschlauch hineingezogen. Aus der Öffnung fließen Spermien und Schleim in die Scheide der Königin.
Bei der Begattung reißt ein Teil des Begattungsschlauches ab und bleibt in der Stachelkammer der Königin als Begattungszeichen hängen. Das Begattungszeichen besteht aus dem Zwiebelstück mit den dunklen Chitinplatten und erstarrten Schleimmassen. Das Begattungszeichen wird von der Königin selbst, meist aber von den Arbeitsbienen im Stock entfernt, damit eine weitere Paarung erfolgen kann.